之后，维希尼克来到了柏林和家人相会，一住就是十九年，还在那儿娶妻生子。他在柏林的生活非常苦，除了小家庭的生计之外，又必须负担父母及妹妹的生活费用。他待过邮购品工厂、保险公司、打字行、汽车工厂、地产公司，等等。在这么辛苦的情况下，他还利用傍晚时间在柏林大学选修东方艺术课程，并且和一些医生进行生物研究，同时也研读一般光学及特殊光学。他这番努力没有白费，最后终于完成了自己的一套系统——“以磁性光来显露显微镜下活生生的内部组织”。
本来犹太人生活在德国一直是平安无事的，纳粹党得势之后，反犹太风也渐渐兴盛起来。有一次，一位纳粹杂志的编辑因不知道维希尼克是犹太人而找他拍照，为的是要用显微镜来摄取纯种雅利安人（纳粹党人指具有日耳曼血统的人）的血清和犹太人的血清不同处在哪里。当维希尼克回答他，所有人种的血清都不会有什么大的不同时，这位纳粹党徒轻蔑地转身就走。这个征兆使他觉得自己的民族在这个国家的噩运就要来临了。在所有人都还心存侥幸，以为希特勒所扬言的要毁灭犹太人是夸大其词时，维希尼克就先天下之忧而忧地开始从事他这一生中最重要的使命——为自己的同胞照相。他感慨万千地回忆：
那时我就知道，只要希特勒一逮到机会就会把犹太人赶尽杀绝。而谁能来保护这些人呢？我晓得自己也帮不了忙，于是我下定决心，身为一个犹太人，我对祖先的责任，就是把祖先生于斯传于斯，而今受到威胁的同种民族，起码用照片保存下来。那是个即将消失的世界啊！
三十九岁那年，维希尼克开始着手他的艰难计划。他带着两架相机，一架是专门用来拍室外的罗莱6cm×6cm相机，一架专门用来拍室内的莱卡双眼小相机。他花了四年时间，行遍了波兰、匈牙利、捷克、拉脱维亚、立陶宛等国的所有犹太人社区。他的所有照片几乎全部是偷拍的，因为在那时，随时都可能因四处拍照而被逮捕。
维希尼克借编织品推销员的身份，来掩饰及解释他为什么尽去那些穷乡僻壤，并且用一个公事箱来隐藏他的装备。他宿在民房，吃在最廉价的餐馆。
有一回，在捷克的一个小村庄里，由于被警察看到他的相机，他被关进监狱达一个月之久。有关当局一再侦讯他，还检查底片是否泄露了军机。
由于他和家人的生活一直很拮据，经常会缺钱用，因此维希尼克还得定期回到柏林打些零工，等存款足够支付家人开销及自己的旅费时，才再度到东欧小国继续拍照。
战后（1947），维希尼克的一部分照片以《波兰犹太人》的名称出版，这是一位有宗教兴趣的人资助出版的书。三十多张照片的内容偏重在人物的精神生活面貌。这本由Schocken Books公司出版的书只发行了三千八百本的初版就绝版了，因此在当时的影响力是很小的。维希尼克曾经很遗憾地指出，这本书没有收录任何一张他所强调的犹太人在经济生活方面的挣扎脸孔，与他的心愿和构想是有距离的。
1939年，反闪族（包括希伯来人、阿拉伯人、腓尼基人及亚述人等）主义在德国达到沸点。维希尼克再也待不下去了，他先把妻子儿女送到瑞典和妻子的娘家相聚，自己也准备赶紧离开柏林。后来却因拉脱维亚被苏俄吞并（维希尼克在初次抵达拉脱维亚之后，一直使用拉脱维亚的护照），他被警方以无国籍为由关在集中营三个月，后来在拉脱维亚流亡政府的协助下才被释放。维希尼克于次年和家人在美国纽约相会。