在伊尹的协助下，汤成功推翻了夏朝的统治，建立了商朝。商朝建立之初，百废待兴，汤又在伊尹的帮助下完善了各项典章制度，使商迅速恢复了社会秩序，走上正轨。商汤在位三十年，临终时，因为特别信任伊尹，把辅佐继任帝王的重任嘱托于他。
商朝时，继承的法则是兄死弟及，没有弟弟，才轮到儿子继承。商汤没有弟弟，因此应该是长子太丁继位。可是汤还在世时，太丁就死了，因此按照礼法，应该由太丁的弟弟外丙继位。于是伊尹便扶持外丙继承了王位。外丙在位三年就去世了，他的弟弟仲壬继位，仲壬体弱多病，注定也是个短命君王，在位四年就病亡了。这时能继承王位的只有商汤的孙子、太丁的儿子——太甲了。此时的太甲只有十岁，但伊尹还是毫不犹豫地扶持年幼的太甲登上了商朝君主的宝座。他自己则掌握大权，尽心尽职地从旁辅佐，教给太甲如何区分是非对错和治理国家的方法，希望把太甲调教成一代贤君。
太甲年幼少不更事，开始还能听伊尹的教导，谨言慎行，恪守祖辈的礼法，认真对待政事。可是，他小小年纪就登上权力的顶峰，众星捧月般地长大，而且自幼丧父，没有受过严格的管教。没几年，他顽劣的性情就开始滋长，自认是一国之君，万人之上，没人能管得了自己，渐渐变得忘乎所以，对伊尹的教导也开始不耐烦起来。他觉得伊尹虽为宰相，却是奴隶出身，自己凭什么要听他的教训。因此，当伊尹给他讲祖宗的规矩，向他传授汤立下的法度，用历史上贤君的故事教育他时，根本听不进去，而且表现得很敌对。渐渐地，他变得恣意妄为，喜声乐，醉酒宴，一再地破坏礼法。更可怕的是，他竟越来越像夏桀，喜欢滥用民力，暴虐嗜杀，百姓苦不堪言，对他的不满越积越深。
对于太甲的无心长进，暴虐成性，伊尹和群臣都忧心忡忡，一再规劝，提醒太甲作为一代君王，要有所为有所不为。然而，太甲根本听不进伊尹的规劝，不但一意孤行，甚至还变本加厉。伊尹非常忧虑，担心如果继续放纵太甲这样胡闹下去，汤好不容易打下来的天下，就会被他葬送。
为了商朝的天下，为了能把太甲调教成一代明君，伊尹决定对太甲下一剂猛药。正好快要到汤的忌日了，按规矩，君主要带领朝廷上下举行盛大的祭祀活动。太甲贪玩，根本不想主持这种规规矩矩、枯燥乏味的仪式，可是伊尹一再强调身为汤的子孙，继承了汤打下的天下，这件事他责无旁贷，除非他不想做这个君主了。太甲无奈，勉为其难主持祭奠，带领群臣来到了汤的墓地——桐宫。祭奠一开始，伊尹宣读祭文，向汤的亡灵宣告，为了商朝能千秋万代，要将幼主留在桐宫，让他反思自己的言行，帮他领悟治国的道理。太甲听完祭文，才知道自己要被囚于桐宫，接受训导，一下就慌了神，可是群臣百官都在场，显然大家都支持伊尹的决定，他已经骑虎难下，只能听从了。
太甲住进了桐宫，但国家大事不能无人管理，伊尹便摄政当国，代行天子职责。为了教导太甲上进，伊尹给他写了《伊训》、《肆命》、《祖后》三篇训词：《伊训》中说，腐败、婬荡、逆乱之风是丧家乱国的根本，身为君主要想让国家长治久安，就要修身养性，多听贤臣的意见；《肆命》是讲分辨是非的方法，清楚地说明应做什么样的事情，不应做什么样的事情；《祖后》则专门讲商汤时候的典法制度，教育太甲祖先的规矩不可破，不能为了贪一时之快，而背弃祖训，为所欲为。
桐宫远在商都郊外，虽是商朝开国之君汤的陵墓，却非常简陋，跟普通人的墓没什么两样，只有一座又低又矮的宫室，以便每年到此祭奠。太甲是享乐惯了的人，怎能甘心呆在这里受苦。为了能让太甲安心悔过，伊尹语重心长地对他说：“我年事已高，本没有争权夺位的野心，可是先王临终托孤，辅佐幼主，自己重任在身。为了不辜负先王的嘱托，不能对你放任不管。你还是商朝的国君，但是在执政之前要多学习、走正道，修身养性，提高治国安邦的能力。所以要趁着这次机会，在这里好好学习如何做一个英明的君王。”
太甲知道此事已经无可挽回，再加上伊尹的一番话也让他有些感触，便不再反抗，表示会老实地呆在桐宫学习。太甲在此，没有高床软卧，没有锦衣玉食，远离前呼后拥，远离奢华的享受，也远离各种诱惑，每天他早晚守候着祖父商汤的陵墓，读着伊尹写给他的训词，过着简朴的生活，心竟真的渐渐平静下来。
太甲逐渐了解到祖父历尽艰辛，打下商朝天下，还能俭以修身，仁以立德，由衷地崇拜起祖父来，再想想自己对国家没什么贡献，就登上王位，却不思治国，只贪图玩乐，还暴虐地对待百姓，真羞愧难当。同时，他想到伊尹对自己苦心教诲，自己却不能理解，懊悔不及。于是，太甲下定决定要好好读书，做一个不负祖父亡灵的明君，学习为君为政所必需的德行与知识，掌握国家法度，以及如何应对国家的困境。
就这样，在不断地学习与悔过自新中，太甲在桐宫一住就是三年。这三年间，太甲真的脱胎换骨了，他认真学习，以祖父为榜样，严格要求自己，尤其注重修炼自己的德行。伊尹也经常派德才兼备的人给他授课，同时了解他在桐宫的情况。经过一番了解，伊尹确定太甲已经改过向善，也具备了一定才识，可以回来当君主了。于是，伊尹带领文武大臣来到桐宫，用隆重的仪式把太甲接回了亳都，让太甲归位主政，自己只从旁辅佐。
经过三年的蜕变，太甲归位后，果然完全改掉了过去的顽劣性情。他虽然年纪轻轻，却成熟沉稳，对待国家大事从不懈怠，还发扬商汤的德政，勤俭爱民，凡是为大局着想，从不做违反祖制和朝廷法律的事。在他和伊尹的统治下，商朝社会稳定，百姓安康，诸侯臣服，进入了一个稳定发展鼎盛时期。《史记·殷本纪》中说太甲复位后，“诸侯咸归殷，百姓以宁”。太甲因此赢得了群臣和百姓的尊敬，被称为“太宗”。伊尹又作《太甲训》三篇，褒扬太甲的德政。
不过，太甲当政期间，对国家大事起决定性作用的还是伊尹，直到太甲的儿子沃丁继承王位八年后，伊尹才去世。据说，他去世的时候，天降大雾，三日不散。沃丁感念他对商朝鞠躬尽瘁的功德，亲自主持丧事，用天子之礼厚葬了他，将他安葬在亳都的郊区。
伊尹不仅是辅佐汤夺取天下的开国元勋，而且是名副其实的“五朝元老”，他以其卓越的才能和忠诚，为商王朝延续六百年的统治奠定了坚实的基础，是我国历史上最早的贤能相国圣人，史称“元圣”。在甲骨卜辞的记载中，伊尹不但被列为“旧老臣”之首，受到隆重祭祀，而且还与汤同祭，单独享祀。