檀超字悦祖，是高平金乡县人。父祖檀宏宗，曾任宋朝的南琅笽太守。
檀超喜好文学，为人放诞任气，起初任官为州西曹。曾和别驾萧惠开共事，很不服气。对惠开说：“我和你都是一个老姥的后代，有什么值得夸耀的？”萧太后是惠开的祖姑，长沙王刘道怜之妃，也是檀超的祖姑。孝建初年，受别的事牵连，檀超徙官梁州，被任为宣威府参军。孝武帝听说檀超文章做得好，下敕让他回京在东宫任职，为骠骑参军、宁蛮主簿、镇北谘议。檀超总是在蕃王府任职，很不得志，后转任尚书度支郎，车骑功曹，桂陽内史。后入京任殿中郎，兼中书郎，零陵内史，征北骠骑记室，国子博士，兼左丞。
檀超嗜好饮酒，喜欢言谈歌咏，举止和谐潇洒，自比于晋朝的郗超，称为“高平二超。”他还对人说：“我还是觉得我比郗超更出色。”太祖(萧道成)对他很是赏爱。后来任他为骁骑将军、常侍，司徒右长史。
建元二年(480)，初置史官，任命檀超与骠骑记室江淹负责编写齐史的工作。檀超上表设立条例，开元记号等都不采用刘宋的年号。有关人物的封爵都在本传中交待，不必制作年表。设立十志：《律历》、《礼乐》、《天文》、《五行》、《郊祀》、《刑法》、《艺文》等，都依照班固的体例，《朝会》、《舆服》则依照蔡邕、司马彪的体例，《州郡》则依照徐爰的体例。《百官》依照范晔的体例，与《州郡》合并。班固五星载于《天文》，日蚀载于《五行》；改为日蚀载入《天文志》。以建元为开始，皇帝的女儿出自皇宗，应予立传以表明甥舅地位的重要。又设立《处士》、《列女传》。皇上下诏让朝廷内外官员仔细讨论。左仆射王俭说：“钱粮问题，是所有政治工作的首要问题，食货畅通则国富南齐书民实，所以应当编录入史，以表明务本的重要。《朝会志》以往不见于历史记载，蔡邕打着先师胡广的口号而说《汉旧仪》，这不过是蔡邕一家之言，对那些细碎小仪，不必记录。应当设立《食货》，简去《朝会》。《洪范》九畴，首先是五行，五行的根本，又以水火之精为先，它们是日月五行的根据，因而如今应当依照前人的规矩，不要有所改革。另外，设立《列女传》，我也觉得不妥，如果她有高德异行，自然该载入《列女》之中，如果她只有通常的优点，则仍旧不该写入史书。”皇上下诏说：“日月灾异等隶属于《天文》，其他都照王俭的意思办。”檀超写史的功业还没完成，就死在职位上了。后来由江淹撰成，但还是不够完备。